Tuy nhiên, giá thành của nó còn rất đắt đỏ… Vậy, có những thuận lợi và bất lợi gì khi dùng loại thực phẩm này? Nhà dinh dưỡng học Dr Jean-Michel Lecerf đã có ý kiến như sau:   Nhận dạng TPSH:   PSH mang ký hiệu chữ AB màu xanh và trắng, có chứa hơn 95% thành phần các chất có nguồn gốc từ ngành nông nghiệp sinh học. Đặc biệt, các loại nước giải khát hoặc bánh biscuit, có kèm thêm nhãn hiệu để xác định “chứa từ 70 đến 95% thành phần các chất được bảo đảm theo tiêu chuẩn của ngành nông nghiệp sinh học”.  
  Các loại trái cây, rau quả và ngũ cốc, thường được ghi chú thêm bên ngoài “thực phẩm đang cải tiến theo tiêu chuẩn của ngành nông nghiệp sinh học”. Hiện tại, các loại trái cây, rau quả, thịt, ngũ cốc, gia vị, chocolate, nước trái cây, rượu và món ăn được chế biến sẵn… đang là những thực phẩm sinh học chiếm ưu thế. Tại Iceland, sản phẩm cá hồi sinh học được nuôi trong các hồ rộng, tránh xa môi trường ô nhiễm và cho ăn bằng TPSH đã được phép lưu hành trên thị trường.   Dưỡng chất và ảnh hưởng của TPSH đối với sức khỏe:   TPSH chứa nhiều vitamine và chất khoáng hơn so với thực phẩm thông thường, nhưng với cùng thành phần calori, thì hàm lượng vi dưỡng chất của rau quả sinh học chỉ ở mức tương đương so với rau quả thường. Trái cây sinh học thường có mùi vị hấp dẫn hơn so với loại thường nhờ có hàm lượng vi dưỡng chất cao hơn.

Về mặt sức khỏe, do việc sử dụng thành phần thuốc trừ sâu và nitrat ở mức độ rất thấp nên các sản phẩm sinh học luôn được bảo đảm về mặt chất lượng. Tuy nhiên, hiện nay vẫn còn một điều chưa được khắc phục và đang gây tranh luận nhiều nhất, đó là hiện tượng xuất hiện những độc tố do nấm gây ra cho TPSH. Đây là kết quả của việc sử dụng các chất sát ký sinh khuẩn. Các chất này dùng để loại trừ những nấm mốc meo trên bề mặt của thực vật nhưng có nguy cơ gây bệnh ung thư, nếu sử dụng dài hạn.

Giá thành cao hơn so với thực phẩm thông thường: Thường giá thành sản xuất TPSH cao hơn 30% so với loại thông thường. Ví dụ: một cây rau xà lách sinh học cần phải trải qua thời gian 70 ngày để nảy mầm và nở rộ; và theo như qui ước, lại mất thêm 45 ngày nữa mới được nhổ lên khỏi đất. Mặt khác, ngành nông nghiệp sinh học còn đòi hỏi sử dụng nhân lực nhiều hơn. Hiện nay, do nguồn cung cấp không đủ đáp ứng cho sức tiêu thụ nên giá thành lại có chiều hướng ngày càng tăng.